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南极磷虾呈半透明状态，其体内的绿色是消化道的颜色，因南极磷虾以藻类喂食，故其消化道呈现绿色。另外，南极磷虾为生物界少有的绿色血液物种，绿色也可能给是血液的颜色。



南极磷虾有生物萤光器官，可以发光。这些器官分布在南极磷虾的不同部位。在发光器官的后面有一个凹反射体，在前方有一个晶体负责引导产生的光线，而整个器官可以用肌肉来旋转。这些光的功能仍是未知的，有些假说指这些光是遮掩南极磷虾的阴影，在捕猎者前“隐形”，另一些假说指这些光是对交配或夜间聚集有重要作用。



不同季节南极磷虾体色不同，南极磷虾体色变化主要是为了免受极地照射和适应季节光线变化。夏季和冬季相比，南极磷虾腹部虾青素和红色细胞数量分别为450%和250-480%也就是说夏季的时候磷虾的体色显得比冬季的颜色红些。在捕捞季节的初期磷虾的颜色是红的(1月—3 月)；捕捞季节的中期，磷虾的颜色是粉红的(5月到 6月)；磷虾冬季的颜色是白色（7-12 月）。



冬白夏红的颜色变化，尤其夏天，头部绿色有旺盛的食欲，这个时期的磷虾颜色是红色，体内的酶活性也很强，钓鱼人敬而远之,不过，是养殖天然鲷类的养殖户不可缺少的天然饲料，到了寒冷的冬天，磷虾很硬很白，作为诱饵是很好的。故白色和红色的南极磷虾冰鲜虾都属于正常。